Το χειμερινό θέρετρο της Αράχωβας, σε υψόμετρο 968 μέτρων, ιδρύθηκε κατά τη διάρκεια της ακμής της Φραγκικής κυριαρχίας από τον τότε φεουδαρχικό άρχοντα de Nesle, ο οποίος ένωσε πολλούς οικισμούς για να εκμεταλλευτεί καλύτερα και να ελέγξει την περιοχή. Ένα άλλο στοιχείο που ενθάρρυνε τη δημιουργία ενός ευρύτερου οικισμού σε αυτό το σημείο, ήταν οι ήπιοι άνεμοι και η φυσική προστασία από το χιόνι και τον παγετό. Η ιστορία της περιοχής ξεκινά γύρω στο 1200 π.Χ., όταν, στη δυτική πλευρά της σημερινής Αράχωβας, στην περιοχή Ανεμόρεια (των ομηρικών αναφορών) παρουσιάζονται οι πρώτοι οικισμοί. Στη δυτική πλευρά υπήρχε ο οικισμός της Κυπαρισσού, ο οποίος αμφισβητείται από ιστορικούς, οι οποίοι ισχυρίζονται ότι υπήρχε εκεί η πόλη της Υάπολης. Η Ανεμόρεια και η Κυπαρισσός συμμετείχαν στον Τρωικό πόλεμο με ηγέτη τον Επίστροφο και τον Σχεδία.
Ένας άλλος μύθος δηλώνει ότι, πάνω από την σημερινή Αράχωβα, στη Λιακούρα, την ψηλότερη κορυφή του Παρνασσού (2457 μ.), Στάθηκε η κιβωτός του Δευκαλίου και της Πύρρας που γέννησαν τον Έλληνα, τον πρόγονο των Ελλήνων. Οι ιστορικοί και οι ταξιδιώτες αναφέρουν ότι η Αράχωβα τον 16ο και 17ο αιώνα, κατά τη διάρκεια της τουρκικής κυριαρχίας, είχε 250-300 ελληνικές οικογένειες και μόνο έναν Τούρκο, τον Κοτζάμπα της περιοχής. Πυρπολήθηκε από τους Τούρκους το 1803-1804 κατά τη διάρκεια των έντεκα διαφωνιών μεταξύ κλεφτών και βαρκών. Η Μάχη της Αράχωβας είναι επίσης διάσημη, όπου ο Γεώργιος Καραϊσκάκης απογύμνωσε το στρατό των Τουρκάλων. Ένα σημείο που δείχνει επίσης την ενεργό συμμετοχή των Αραχοβιτών στην Ελληνική Επανάσταση. Η Αράχωβα απελευθερώθηκε το 1828 από τον Δημήτριο Υψηλάντη, του οποίου το πρώτο μέλημα ήταν η ίδρυση σχολείου.